L’APEI Centre-Manche est administrée par un Conseil d’administration composé de 14 membres bénévoles, élus par l'Assemblée générale, représentant les personnes en situation de handicap et les familles. Les administrateurs sont élus par l’assemblée générale composée de 234 adhérents en 2023.

Le Conseil d'administration et le bureau sont présidés, depuis le 21 mars 2016, par Magali FOUCHARD.

Samuel COCHET est le Directeur Général de transition de l'APEI Centre-Manche et de ses établissements.